La UOB-ALT, para el cumplimiento de sus objetivos institucionales, coordina con la Dirección General de Cuencas y Recursos Hídricos del Viceministerio de Recursos Hídricos y Riego del MMAyA y otras entidades como ser: Dirección General de Límites, frontera y Aguas Internacionales Transfronterizas del Ministerio de Relaciones Exteriores (MRE), Instituto de Investigación para el Desarrollo (IRD), Institución Publica Desconcentrada de Pesca y Acuicultura (IPD-PACU), Autoridad Binacional Autónoma del Lago Titicaca (ALT), Servicio Nacional de Meteorología e Hidrología (SENAMHI) e Instituto Boliviano de Tecnología Nuclear (IBTEN), Servicio Nacional de Hidrografía Naval (SNHN) y con las Autoridades de los municipios involucrados en el Sistema Hídrico TDPS.